因應關港貿單一窗口服務正式啟動，財政部發布訂定「關港貿單一窗口運作實施辦法」，全文共十一條，即起實施。辦法規定，參與業者使用關港貿單一窗口申辦貨物通關、航港、貿易簽審、檢驗及檢疫業務，應以憑證提出註冊申請。透過電腦連線關港貿單一窗口，申辦前項業務者，限以政府憑證管理中心簽發之政府憑證、內政部憑證管理中心簽發之自然人憑證、經濟部工商憑證管理中心簽發之工商憑證、組織及團體憑證管理中心簽發之組織及團體憑證提出註冊申請。
參與業者經由關港貿單一窗口傳輸之電子文件，於輸入關港貿單一窗口並經電腦記錄有案時，視為已到達依法應收受文件之參與機關（構）。參與機關（構）透過關港貿單一窗口傳輸之核定通知，於輸入關港貿單一窗口並經電腦紀錄有案時，推定已送達應受通知人。
參與業者依關務、航港、貿易簽審、檢驗及檢疫等相關規定申請或提出進出口文件，得採與關港貿單一窗口電腦連線或電子資料傳輸方式辦理。但以電子資料傳輸方式辦理者，於關港貿單一窗口營運初期階段，應透過通關網路與關港貿單一窗口連線。
關港貿單一窗口提供全年每日二十四小時連線，連線服務遇有障礙，採取備援措施辦理時，通關網路業者應配合施行備援措施作業。透過關港貿單一窗口傳輸之電子文件或所接受之核定通知，得申請傳輸時間與內容之證明文件及其所傳輸之電子文件資料。前項申請應自該電子文件或核定通知於關港貿單一窗口電腦檔案紀錄之翌日起五年內為之。
關港貿單一窗口營運項目包括參與業者與參與機關（構）間之申辦與查詢服務、參與機關（構）間之會辦與資料交換服務、國與國間之跨境資料交換服務及其他加值服務。
參與機關（構）係指參與關港貿單一窗口作業之關務、航港、貿易簽審、檢驗及檢疫等業務之各相關政府機關（構）。參與業者係指透過關港貿單一窗口作業之國內進出口業、運輸業、倉儲業、報關業、報驗業、貨櫃集散站業、金融業、快遞業、自由港區事業、個人或其他與貨物進出口有關之業者。拆封則指為執行分送、交換關港貿單一窗口電子資料所為之拆開封包行為。通關專屬憑證則指依法得對外提供簽發憑證服務之憑證機構所簽發專用於通關業務之憑證。
關港貿單一窗口之營運、管理與資料之拆封、蒐集、處理、利用及其他相關實施事項，由財政部關務署辦理。
